Muchas estructuras oculares se enlazan al cerebro mediante una serie de conexiones neuronales complejas, por ejemplo, la vía visual, la cual si se ve afectada (en algunos casos por tumores en la hipófisis o aneurismas cerebrales) van a provocar alteraciones visuales importantes en los pacientes. También es bastante frecuente la inflamación del nervio óptico llamada Neuritis óptica. La Neuroftalmología Igualmente se encarga de alteraciones pupilares como el síndrome de Horner o pupilas de Adie, incluso evalúa las parálisis óculo motoras provocadas por alteraciones neuronales. Es por esto que se trata de un departamento, muy específico y complejo, encargado de diagnosticar y tratar patologías que afectan estas conexiones nerviosas.